iOS 6のSafariではapple-itunes-appというメタ要素をHTMLのヘッダに指定することで、ブラウザ上部にアプリへのリンクを表示させることができます。
これをAndroidでも簡単にGoogle Play Storeへのリンクを表示できるJSがありました。
jQuery Smart Banner – Jasny · web development
jQueryのライブラリとして公開されています。
<meta name="apple-itunes-app" content="app-id=544007664"> <meta name="google-play-app" content="app-id=com.google.android.youtube">
こんな形で設定できるようです。